Dayanne, boa tarde! Você está certa no raciocínio: pelo regime de caixa, o que vale para o IR é a data do pagamento, não o período de gozo. Se as férias foram pagas em dezembro/2025, tanto o rendimento quanto o IRRF ficam no ano-calendário de 2025 para fins do informe de rendimentos.
O problema que você descreveu no eSocial é real e acontece quando a competência lançada no evento S-1200 fica como janeiro/2026 (mês do gozo) em vez de dezembro/2025 (mês do pagamento). Nesse caso o sistema acaba "puxando" o rendimento para 2026, gerando inconsistência no DIRF/informe.
Na prática, o correto é garantir que o S-1200 das férias seja lançado com competência dezembro/2025 e a data de pagamento correspondente. Alguns sistemas de folha preenchem a competência pelo início do gozo, então vale conferir como o seu está enviando esse evento.
Se o envio já foi feito com a competência errada, a correção é via S-1200 retificador com a competência correta antes de fechar o ano-base para o eSocial.
No informe de rendimentos, o valor deve constar em 2025 independentemente de qualquer divergência no eSocial, seguindo a regra do regime de caixa. O eSocial é fonte de informação, mas a responsabilidade do informe é da empresa.
Qualquer duvida, estou a disposição =)